國電南瑞以過程管理為導向，按照質量、環境、能源、職業健康安全、信息安全、信息技術服務、測量管理和工程建設施工企業質量管理标準要求建立和實施整合型管理體系；進一步融合其它管理體系，如軟件能力成熟度模型集成CMMI、企業資源規劃ERP、安全标準化等，以建立更完善的管理體系。

國電南瑞十分重視管理體系的建設，延續了南京南瑞集團公司自1996年就開始按照GB/T19001質量管理體系标準建立的質量管理體系，進行嚴格的質量管理，并且納入該體系運行。

2002年，首次獨立通過GB/T19001質量管理體系認證。

2008年，獲得了GB/T24001環境管理體系、GB/T28001職業健康安全管理體系認證證書，建立質量、環境、職業健康安全整合管理體系。

2011年，獲得了GB/T 22080信息安全管理體系認證證書。建立質量、環境、職業健康安全、信息安全“四标”整合管理體系。

2014年，通過安全标準化達标評審。

2014年，獲得GB/T50430工程建設施工企業質量管理體系資格。

2017年，通過GB/T19022測量管理體系認證。

2018年，通過 ISO/IEC 20000信息技術服務管理體系認證。

2021年，通過ISO5001能源管理體系認證。建立質量、環境、能源、職業健康安全、信息安全、信息技術服務、測量管理和工程建設施工企業質量管理“八标”整合管理體系